Die Reformation in Leer wurde dadurch eingeleitet, dass der der damalige „Häuptling" (und wohl auch Kirchenpatron) von Leer, Hajo Unken III., im Jahr 1524 den evangelischen Theologen Lübbert Canz (Cantzius) aus Münster in die Stelle des Propstes berief und dieser das reformierte Bekenntnis und eine reformierte Liturgie einführte. Damit gab in Leer die reformierte Konfession den Ton an.

Das hieß aber nicht, dass es in Leer nicht auch Anhänger der lutherischen Lehre gab, die sich von dem reformierten Bekenntnis, das von Zwingli, Buccer und Calvin vertreten wurde, im Wesentlichen in der Frage der rechten Form und Bedeutung des Abendmahls unterschied. Diese Lutheraner besuchten bis 1639 die Gottesdienste in den benachbarten lutherischen Gemeinden. Dann traten sie der Gemeinde Logabirum bei, die 5 km östlich von Leer lag.

Als die lutherische Bevölkerung auf ca. 1000 Einwohner angewachsen war und damit etwa ein Viertel der Einwohner von Leer repräsentierte, erbaten die Lutheraner von ihrer Landesherrin Fürstin Christine Charlotte, die als Vormund für ihren unmündigen Sohn Christian Eberhard fungierte, die Genehmigung zur Gründung einer eigenen Gemeinde und zum Bau einer Kirche.

Diese Erlaubnis wurde am 20.12.1673 zusammen mit der Freiheit der öffentlichen Religionsausübung erteilt. Gleichzeitig schenkt die Fürstin der Gemeinde für den Bau der Kirche Steine vom ehemaligen Kloster Thedinga. Die Grundsteinlegung zum Bau der Kirche war am 02.06.1675.

Doch schon bald erwies sich die Kirche für die ständig wachsende Gemeinde als zu klein. Daher sollte sie im Westen erweitert und gleichzeitig ein Turm angebaut werden, was auch 1704 durch die fürstliche Regierung genehmigt wurde. Jedoch kam es dann aufgrund von Protesten der reformierten Gemeinde zu Verzögerungen. Die Streitigkeiten konnte erst am 14.04.1710 durch einen Vertrag zwischen den beiden Parteien beigelegt werden, der in Gegenwart der Landstände und der fürstlichen Kommission geschlossen wurde und der lutherischen Gemeinde zwar die Vollendung der Kirchenerweiterung gestattete, den Bau des Turmes aber untersagte.

Im Jahr 1738 erfolgte eine erneute Erweiterung der Kirche, diesmal im Norden.

Erst im Jahr 1764 wurde durch die preußische Regierung dann auch der Bau des Turmes genehmigt dessen Bau am 1.06.1766 begonnen wurde und der mit zwei Glocken bestückt wurde, die allerdings bereits 1775 durch zwei neue Glocken ersetzt wurden.

Im Jahre 1793 erfolgte die Erweiterung der Kirche im Osten und im Jahr 1882 die Erweiterung im Norden, durch die die Kirche ihre heutige Kreuzform erhielt.

Gründliche Renovierungen erfuhr die Kirche im den Jahre 1910, als im Mittelschiff eine Tonnengewölbes eingebaut, die Decken bemalt und die Holzvertäfelung an den Seiten angebracht wurden, sowie in den Jahren 1987/88.