Der Heidelberger Karzer wird erstmals schon 1387 erwähnt, womit er zu den Institutionen der ersten Stunde an der Universität gehört.
Das ist nicht weiter verwunderlich, denn schon von Beginn an verfügte die Universität über einen eigenen Gerichtsstand. Damit war sie also nicht der städtischen Gerichtsbarkeit der kurfürstlichen Beamten in der Stadt, Vogt und Schultheiß unterworfen.
Formal gesehen waren die Universitätsangehörigen Kleriker und unterlagen damit der Gerichtsbarkeit des Wormser Bischofs, der dieses Recht aber schon 1394 an den Rektor der Universität übertrug. In erster Instanz bestand das Universitätsgericht aus dem Rektor und vier Magistern der Artistenfakultät, in zweiter Instanz aus dem Rektor und der gesamten Universität.
Zu entscheiden waren zivilrechtliche Streitigkeiten, wie z.B. Mietstreitigkeiten, Bücherpreise und geliehenes Geld. Es ging aber auch um leichte Kriminalfälle, wie z.B. alle Kleindelikte, die sich im Verkehr der Studenten mit den Bürgern ergaben.
Nachdem die Stadt 1693 in Flammen aufgegangen war, befindet sich der älteste noch erhaltene Karzer seit Ende des 17. Jahrhunderts unterhalb des Treppenaufgangs zur Universitätsaula.
1786 wurde der Karzer im Hause des Universitätspedells an der Augustinergasse untergebracht.
Bis in die zweite Hälfte des 19. Jahrhunderts war in einer mehrmonatigen Karzerhaft eine relativ harte Bestrafung zu sehen, Sie kam in ihrer Schwere gleich dem Ausschluss vom Universitätsstudium.
1879 wurde die Karzerstrafe dann aber auf längstens zwei Wochen beschränkt und rangierte fortan als Disziplinarstrafe noch vor der Nichtanrechnung des laufenden Semesters.
Da die Inhaftieren allerdings das Privileg hatten, Besuch zu empfangen (und mit diesem zu feiern), wurde in Karlsruhe »amtlich« erkannt, dass aus dem Karzer »eine oft verhöhnte und ins Burleske gezogene, daher zu Strafzwecken wenig geeignete Einrichtung« geworden sei, woraufhin der Heidelberger Karzer im Frühjahr 1914 geschlossen wurde,