Der "Marienhafer Dom", erbaut im 13. Jahrhundert, galt früher als eine der größten Kirchen zwischen Bremen und Groningen. Sie hatte damals einen knapp 80 m hohen Turm und drei Kirchenschiffe.
Im Jahr 1829 wurde die Kirche drastisch verkleinert um die Unterhaltskosten zu reduzieren.
Sehenswert sind die in den Jahren 1710 bis 1713 von Gerhard von Holy geschaffene Orgel, die Kanzel von 1669 sowie das Taufbecken.
Im Turm der Kirche - dem sog. Störtebeker-Turm - soll der Sage nach Ende des 14. Jahrhunderts der berühmte Pirat gehaust haben. Damals lag Marienhafe noch nicht wie heute im Binnenland, angeblich konnten zu der Zeit noch die Schiffe an den Wallanlagen der Kirche befestigt werden.
Im Störtebeker-Turm ist heute ein Museum untergebracht, das Informationen über Klaus Störtebeker bereit hält.