Der Karzer ist das Gefängnis der Universität, in dem über die Stränge schlagende Studenten zwischen 1784 und 1914 ihre Haftstrafen absitzen mussten. Inhaftiert wurde man z.B. wegen öffentlicher Ruhestörung, Schlägereien aber auch wegen des Spielens von Streichen (man beachte, dass das Eintrittsalter der damaligen Studenten oft nur 13 oder 14 Jahre betrug).
Die Räume des Karzers gehören mit ihren flächendeckenden Malereien und Graffiti zum Farbenprächtigsten, was ein Besucher Heidelbergs heutzutage zu sehen bekommt.