Um die Mitte des 12. Jahrhunderts wurde das wunderschöne Heidekloster im Stil der norddeutschen Backstein-Gotik gegründet.
Die ersten Bewohnerinnen waren Benediktinerinnen.
Der Bildungsstand im Kloster war sehr hoch, die Ebstorfer Weltkarte, die erste Weltkarte überhaupt, ist vermutlich im Kloster selbst entstanden. Diese Karte ist ein einmaliges Zeugnis mittelalterlicher Vorstellungswelt. Bei der Datierung sind sich die Forscher nicht einig, es wird ein Zeitraum von ca. 1220 bis 1314 angegeben. Obwohl das Original leider im zweiten Weltkrieg verbrannte, ist das Kloster im Besitz einer Kopie - wie das Original - auf insgesamt 12 qm großen Ziegenfellen. Insgesamt waren vier Kopien angefertigt worden. Eine hängt in Lüneburg, eine weitere in Kulmbach und die vierte, die im Jahre 1954 wegen des Verwandtschaftsverhältnisses der Braut zum Welfenhaus dem griechischen Königspaar zur Hochzeit geschenkt wurde, gilt leider als verschollen. Lange fristete die Weltkarte ein Schattendasein. Zusammengerollt wurde sie 1830 in einem kleinen feuchten Raum des Klosters gefunden. In der unteren linken Ecke hatte sie bereits Schaden genommen, ein weiterer Schaden wurde ihr durch das Heraustrennen eines großen Stückes durch einen unbekannten Frevler zugeführt.
Die Karte zeigt, dem damaligen Weltbild entsprechend, die Erde als Scheibe, mit dem Goldenen Jerusalem als Weltmittelpunkt. Alle damals bekannten Stätten wurden eingetragen. Rechts am Rand wurden, da noch etwas Platz übrig war, die "Gegenfüssler" aufgemalt, Lebewesen, die nach der damaligen Vorstellung die Erde von unten bewohnten und Zwischengeschöpfe waren, denen etwa Zweige aus dem Rücken wuchsen. Drucke der Karte sowie eine Geschichte des Klosters sind im Klosterladen erhältlich.
In der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts führte Matthias von dem Knesebeck weitreichende Reformen im Kloster ein und das Leben der Damen ("überzählige" Töchter aus adeligen Hause, nach heutiger Auffassung beinahe noch im "Vorschulalter") wurde streng reglementiert. Ihre Verwandten durften sie ganz selten nur noch durch ein Sprechgitter sehen, der Nonnenchor war völlig abgeschirmt und die Nonnen durften dem Gottesdienst nur noch akustisch folgen. Während Knesebecks Amtszeit entstand eine rege Schreibtätigkeit in der Schreibstube des Klosters, so dass es heute noch 51 Codices aus dieser Zeit gibt.
Während der Reformation wurde das Kloster in ein evangelisches Damenstift umgewandelt. Immer noch waren es adelige Damen, die hier Aufnahme fanden. Heute gehören unter zehn Frauen dem Konvent an, geführt von einer Äbtissin, die erstmals kein "von" im Namen führt. Gefragt sind Managerqualitäten, da sie u.a. Konzerte organsiert und für PR zuständig ist. Das Aufnahmealter für die Stiftsdamen wurde auf 65 Jahre hoch gesetzt, sie dürfen (erwachsene) Kinder haben, müssen sich dem christlichen Lebenswandel verschreiben, im Klostergarten arbeiten, Führungen machen und leben in den zu kleinen Wohnungen umgebauten ehemaligen Klosterzellen als Selbstversorgerinnen. Geblieben ist die Morgenandacht.
Zusammen mit der Kirche wurde ein wunderschöner Kreuzgang (Kreuzrippengewölbe) gebaut. Der Kreuzgang umschließt einen Friedhof, auf dem früher bestattet wurde. Wunderschöne Glasgemälde sind immer noch im Original enthalten. Im Kreuzgang stehen einige mittelalterliche Möbel, u.a. Truhen, welche die Aussteuer der Nonnen bewahrten. Eine Truhe wird auf 1177 datiert.
Über dem Langhaus der gotischen Kirche erhebt sich der Nonnenchor, in der "Gemeindekirche", die Tonfiguren der Apostel schmücken, durfte die Gemeinde dem Gottesdienst folgen.
Das Taufbecken der Kirche stammt aus dem Jahre 1310.
Heute finden im Nonnenchor Konzerte statt und in der Probsteihalle Ausstellungen regionaler Künstler.
Im Winter finden keine Führungen statt. Auch im Sommer ist die ganze Anlage sehr kühl. Es empfiehlt sich die Mitnahme einer Jacke.